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在讨论“妓馆存废”过程中，宋骁飞发现，传统的伦理观念，还是极大左右了当时人们的思想，这有好处也有坏处，好处就是社会稳定，坏处就是束缚了人们的创造性。( 平南)有很多人把技术的进步看作是可以脱离思想解放而存在的东西，宋骁飞觉得这是自欺欺人。在宋骁飞看来，上层建筑决定了生产力，思想解放是生产力发展的前提，这用脚趾头想也能明白，如果你在家里的后院种一棵黄瓜，都会被认为是资本主义的尾巴，给你割掉，这样的社会怎么发展经济？西方的工业革命很大程度上得益于文艺复兴运动中人文精神的启蒙和人性的解放。
从1895年到1903年，中国经济已经飞速发展，经济改革取得初步成果，政府每年的收入从7000万两白银达到了十四亿两白银左右，宋骁飞觉得文化改革势在必行。宋骁飞与北大校长蔡元培、教育总长严复、参议院议长容闳、司法总长梁启超座谈商议后，决定提前发动历史上的“五四”新文化运动。于是，1904年1月15日，中国迎来了两位陌生人：德先生和赛先生。这两位来自西洋的先生，成为中国启蒙运动最深入人心的形象，他们在风雨如晦的暗夜里为国人点亮了耀眼的灯塔，照亮中国人精神黑夜前行的目标和方向。
在宋骁飞的支持下，梁启超主办了《少年中国》新杂志，慷慨激昂地宣誓，德先生和赛先生是新思潮的两大理想，是现代文明的两大目标。宋骁飞还亲自为《少年中国》写了发刊词，其中热情洋溢写道：“西洋人因为拥护德、赛两先生。闹了多少事，流了多少血，德、赛两先生才从黑暗中把他们救出，引到光明的世界吾国欲图世界的生存。必弃数千年相传之官僚的专制的个人政治。而易以自由的国民政治。我们物质生活上需要科学，自不待言；就是精神生活离开科学也很危险。科学和民主两者都牵涉一种心力状态和一种行为的习惯、一种生活方式，凡事都应该‘大胆的假设，小心的求证’，‘尊重事实。尊重证据’。道德也应有善恶之分。恶的道德，便是伪道德。譬如封建社会男人的长辫，女人的小脚，都应该统统扔掉！唯有民主和科学才可以救中国，救治中国政治上、道德上、学术上、思想上的一切黑暗。”
梁启超也写了一篇大气磅礴的《少年中国说》，鼓励青少年追求科学和民主：“造成今日之老大中国者，则中国老朽之冤业也；制出将来之少年中国者。则中国少年之责任也。彼老朽者何足道?彼与此世界作别之日不远矣，而我少年乃新来而与世界为缘。使举国之少年而果为少年也，则吾中国为未来之国，其进步未可量也。使举国之少年而亦为老大也。则吾中国为过去之国，其澌亡可翘足而待也。故今日之责任，不在他人，而全在我少年。少年智则国智，少年富则国富；少年强则国强，少年独立则国独立；少年自由则国自由，少年进步则国进步；少年胜于欧洲则国胜于欧洲，少年雄于地球则国雄于地球。红日初升，其道大光。河出伏流，一泻汪洋。潜龙腾渊，鳞爪飞扬。乳虎啸谷，百兽震惶。鹰隼试翼，风尘翕张。奇花初胎，矞矞皇皇。干将发硎，有作其芒。天戴其苍，地履其黄，纵有千古，横有八荒。前途似海，来日方长。美哉我少年中国，与天不老；壮哉我中国少年，与国无疆！”
一时间，国内舆论为之一新，报纸纷纷主张“以科学代宗教”、“科学的人生观”。一些反对新文化运动的人，则被宋骁飞下放到农村住牛棚，包括北大教授辜鸿铭。为了民.主的早日到来，宋骁飞又不民主了一次，对封建专制、宗法制度、三纲五常开炮，表达了国家对此次新文化运动的支持。不过，宋骁飞没有全盘否定传统文化，对于一些传统礼仪作了保留，检验的尺度便是人性，凡是符合人性的道德，予以保留和鼓励，比如祭祖的风俗，这是中国人根深蒂固的信仰，到了二十一世纪也没改变，这也是孝道文化的一部分，宋骁飞表示认同。
在北京大学的德先生和赛先生的雕像落成典礼上，天空万里无云，开阔的蓝天下，校园里的白玉兰花飘来阵阵花香，宋骁飞对主席台下的一万多名北京高校的学生发表了《一个自由思考的时代》的演讲，鼓励学生的个性自由，宋骁飞慷慨陈词：
“这个时代最大的痛苦，不是物质的匮乏，而是自由思考精神的丢失，是多数人的沉默或媚俗，是个体的世界得不到承认，是个人无法自由获取知识和追求真理。这就是为什么，我们会在这个物质极大丰富的时代，会感到个体精神世界的虚空，这就是为什么，我们很多年轻人，奢谈理想和奋斗。
自由思考，是一种质疑和反思的精神。我们相信，自由思考，是人们精神世界最低层次的需要，就像饿了就需要吃饭，渴了就希望喝水。我们相信，自由思考，是个体意识萌芽的土壤。我们相信，自由思考，是人存在于时空的意义所在。
我们之所以强调自由，是因为自由地获取知识是探索真理的先决条件。我们相信真理，是通过有理性的人自由讨论得到，而不是由某个权威振臂挥出。权威固不可少，但对权威的顶礼膜拜必须打倒。
我们之所以强调自由，是因为我们相信自由是自然普遍的法则。正如每一片红叶，每一丛翠竹，每一点晴霞，只有在自由的山间，才显得如此美丽。
我们之所以强调思考，是因为思考是通向自由王国的必由之路。贫瘠的土地，会产生让人唏嘘不已的悲剧，但精神的荒原，比贫瘠的土地更可怕。