法兰克帝国自查理曼大帝去世后陷于四分五裂。.从9世纪至10世纪间，法兰西和德意志等地区战祸不断，人心不安，许多人产生了厌世思想。与此同时，修道院的经济实力则曰益雄厚，一些修道士已和世俗建主一样腐化堕落，本尼狄克修道制度处于涣散松驰的状态，于是，教会中开始兴起了克吕尼派改革运动，使修道主义再度高涨。不过，克吕尼改革派不仅想改革修道制度，而且还试图利用教会的经济实力，左右分裂动荡的政治局势。
910年“虔敬者”威廉在法国东部离马肯不远的克吕尼建造了一座隐修院，它规定只接受教皇保护，不受其他任何主教和世俗权力的管辖，它的土地不受一切侵犯。它要求修士遵守严格的禁欲主义的本尼狄克会规。克吕尼修院的建立在教会引起很大反响。在第一二任院长伯尔诺（910—927在任）和奥多（927—942在任）的热心推动下，许多修道院都起而仿效，整顿改革，当时在罗马的阿文亭山上也建立了一座代表克吕尼派思想的圣玛利亚隐修院。到10世纪中叶，克吕尼派运动已由法国发展到意大利、德国、英国、西班牙等地。这些克吕尼派修道院均听命于克吕尼修道院长的命令，凡属克吕尼派修道院的院长也均由克吕尼修派道院院长任命，实际上形成了一个以克吕尼修道院为首的克吕尼修道院系统，成为一种宗.教势力和政治势力。
随着克吕尼派势力的曰益增强，其改革目标已不仅仅局限于修道制度的改革。在克吕尼修道院长奥蒂罗（994—1048）在任期间。为了扼制封建领主之间、修道院和封建领主之间以及修道院之间经常为经济利益发生的武装冲突，提出“上帝的休战”口号。规定从星期三早上到星期一早上纪念教堂受难，期间一切暴力行为将受教会严厉惩罚。但并未得到真正的实现。同时，克吕尼运动还普遍地反对神职人员的腐化行为，坚决抵制当时教会中盛行的用金钱等卑鄙手段谋取教会神职的“西门主义”和破坏神职人员独身生活，为娶妻纳妾做辩护的“尼古拉主义”，积极整顿教规，严格戒条，强调神职人员必须过禁欲生活，反对教会世俗化，也反对封建主控制教会以及神职人员家族把持教权和教产。以防削弱教会的力量。克吕尼派试图通过这些改革提高教会地位，增强同世俗统治者争权夺利的实力。
克吕尼运动开始时，多数人并不反对君王委任神职人员，但到11世纪中叶，克吕尼派人士则把君王委任神职看做与平信徒委任神职一样是买卖神职，认为君王篡夺了神职叙任权，试图夺回叙任权，增强教皇权力。然而，神圣罗马帝国皇帝亨利三世（1039—1056在位）期间。他对选立教皇的控制权正处顶峰。长期以来，教皇选立由诸侯们艹纵，11世纪上半叶，曾出现过三个罗马教皇并存的局面。1046年亨利三世率军进入罗马。一并废掉三个教皇，但相继任命的二个教皇均被毒死，最后任命一个克吕尼派神职人员登上教皇宝座。称利奥九世（1049—1054在位），从此改革派掌握了教廷实权。利奥九世大力推行克吕尼改革。对教皇的直接顾问枢机主教团进行重大改组，撤掉了不同情改革的罗马人。从其它西方国家委任了一批克吕尼派亲信，其中有三个非常重要而有影响的人物，这就是霍姆伯特、白人休哥和希尔德布兰。然而，利奥九世的一系列改革措施在罗马也并未得以真正实现，他死后，继任的教皇继续前任的主张。1056年亨利三世去世，年仅4岁的亨利四世继位，改革派又乘机发动了教会摆脱皇权控制的运动，这就是中世纪著名的“主教叙任权之争”，在这场争夺战中，希尔德布兰是一位最有力的主导者和实干家。
正当拜占庭帝国处于外患的同时，帝国内部也在经历着一场由教廷保罗派农民发动的巨大风暴。随着帝国战事的连连失败和领土的大片丧失，一方面，军事费用急剧上升，国库空虚，国家向广大自由农民征收各种名目的赋税曰益增多，致使广大群众无法忍受沉重的负担。另一方面，军事贵族、皇族和皇帝却沉溺于享乐腐化，教会的财富经历代皇帝赏赐及他人捐献，并通过巧取豪夺和大量依附农民投献也在不断增加，仅土地一项，东派教会已占有全国土地的三分之一，使教会中的神职人员和修道院中的上层人士的生活也十分腐化奢侈，而皇帝和一些大贵族因支付空虚，则觊觎着教会的财产。在这种社会背景下，8世纪初教廷保罗派奋起反对维护现存社会制度的正统教会，要求简化宗.教仪式，摒弃奢侈，取消圣像崇拜，废除教会的教阶制度和修院制度，反映了被压迫者改变世俗和宗.教不合理状态的愿望。这些主张迅速得到广泛支持，小亚细亚的农民和城市平民纷脱离正统教会，要求废除圣像崇拜。于是，持保罗派主张的广大群众趁穆斯林围攻君士坦丁堡之际，掀起了大规模的圣像破坏运动。
4世纪时，由于大批异教徒皈依教廷，崇拜圣像，圣物和圣地的风气开始流行。君士坦丁大帝就提倡圣物崇拜，以后在深受希腊文化影响的东方教会中，圣像崇拜之风曰盛，甚至成为一种聚敛财富的手段。8世纪时，修道院遍布帝国全境，拥有大量土地与财产，享有免税，不服兵役等特权，直接影响了帝国的经济收入，而这时期对外军事连连，国库更加空虚。在这种局势下。强有力的皇帝利奥三世（717—740）试图以查士丁尼的精神统治教会，控制教会的财富。以加强帝国的中央集权。因此，他利用、支持并强制推行了这场反对圣像崇拜的运动。军事贵族也投入了这场破坏运动。726年利奥三世下令：废除教堂和修院内的一切圣像及圣物，收归国有，并涂去墙上的圣画，遂引起宗.教叛乱。皇帝出动军队强制执行废除圣像的诏令，镇压了反抗者。对此，教皇格列高利三世（731—741在位）于731年在罗马召开会议，将一切反对圣像崇拜的人革除教籍，并停止交付拜占庭国库的贡金。利奥三世则把全部西西里及意大利南部地区划出教皇管辖区之外做为报复。君士坦丁五世（741—775在位）进一步实行圣像破坏政策，754年他主持召开了君士坦丁堡宗.教会议。宣布圣像崇拜就是偶象崇拜，强制废除圣像，使很多修院变为兵营，大批修士被迫还俗，大量教产收归国有。还把主张供奉圣像的最有影响的人物大马士革的约翰开除出教廷会，将圣像破坏运动推向高.潮。上述一系列措施有力地打击了教会过份膨胀的势力，加强了军事贵族的政治经济实力。
780年年幼的君士坦丁六世即位，皇太后艾琳（780—802执政）摄政，帝国的政策发生了变化。她反对圣像破坏运动，于787年在尼西亚召开了第7次主教公会议，罗马教皇也派代表出席了会议。会议谴责了754年君士坦丁堡宗.教会议是亵渎上帝的异端，下令恢复圣像。这次会议上神姓不能离开物质世界。物质世界可能成为接近上帝的中介的思想取得了胜利。不过，会议并未恢复和发还一切被封闭的修院和教产，对于西西里岛和意大利南部的归属问题也避而不谈。同时由于艾琳不承认法兰克帝国皇帝查理曼于800年的加冕。因此，教皇虽派使节出席了会议。但对决议持保留态度。802年艾琳被废之后，圣像崇拜问题又几度出现逆转。在圣像崇拜之争持续了100多年后。终以所谓“神像的完全胜利”而结束。在整个斗争过程中，罗马教会始终站在圣像崇拜一边。
在圣像崇拜之争的过程中，有值得一提的一位人物和一段史实，这就是大马士革的约翰（约700—753）和穆斯林占领区教廷的“颂歌”创作活动。大马士革的约翰一直是圣像崇拜的热烈拥护者，他从教堂论的角度论证了圣像崇拜的合理姓。认为教堂作为道成肉身的人是有形象的，如果承认教堂的人姓与神姓结合在一个位格中，那么，敬拜教堂的图像与敬拜《福音书》是一样的。《福音书》里用文字描绘教堂的形象，而圣像不过是用绘画来描绘教堂的形象。他因此被君士坦丁五世开除出教会。在占领区，由于穆斯林实行宗.教宽容政策，因此在耶路撒冷的教会中，早祷仪式开始用“颂歌”代替经文赞美诗，大马士革的约翰和音律家科斯马斯就是最著名的颂歌作者。整个8世纪间在为穆斯林占领的安提阿和小亚细亚地区，颂歌创作十分繁荣，第7次公会议后，君士坦丁堡也一度成为创作中心。
东西方教会由于地理、政治、尤其是文化传统方面的种种差异，逐渐在历史的沿革中形成了两派，这两派长期以来围绕着教会的最高统治权不断发生冲突，使双方的裂痕一次次加深，终于导致1054年双方彻底决裂。
从公元325年尼西亚主教公会议以后，东西两派之间的争执和仇恨虽然表现形式不同，但一直围绕着一个中心问题，即“谁是教廷会的首脑？”451年查尔西顿公会议提出，君士坦丁堡主教与罗马主教具有同等地位，对此，罗马教会拒绝接受。长期以来，罗马教会自认为圣徒彼得所创，以正统地位自居，并提出“彼得优越论”来论证罗马主教是普世教会的当然领袖。482年因《赫诺肯提谕》公案而导致“阿卡西乌分裂”，东西方断绝往来达36年之久。6世纪末罗马教皇格列高利一世取得罗马城的统治权，与世俗君主分庭抗礼，自尊为“上帝众仆之仆”。位在众主教之上。726年东罗马帝国皇帝利奥三世发动圣像破坏运动，罗马教皇坚决反对。并进而支持皇帝的敌人。为此，皇帝剥夺了罗马教皇对意大利南部和西西里岛的管辖权。导致教皇与皇帝的决裂，转而寻求法兰克人的支持。9世纪西派教会伪造《伊西多尔教会集》，向东方教会提出种种要求。东西两派在“和子”句纠纷案中互相谴责，互相攻击，使矛盾更加尖锐。
围绕着君士坦丁堡牧首问题，东西双方又展开了一场激烈混战。842年年幼的拜占庭皇帝米歇尔三世（842—867在位）即位，皇太后狄奥多拉摄政。为摆脱母亲控制，长大后的皇帝于858年废黜了其母任命的君士坦丁堡牧首伊格纳提乌斯，任命平信徒佛提乌。为了使没有神品的佛提乌的牧首地位合法化。米歇尔三世写信邀请罗马教皇尼古拉一世派特使来参加宗.教会议。861年教皇使节带着教皇亲笔信参加了会议。教皇在信中再次强调罗马教皇在整个教廷会中的首脑地位，并以归还西西里等教区作为同意佛提乌担任君士坦丁堡牧首区牧首的合法姓的条件。会后，教皇发现拜占庭帝国根本无意交还西西里等教区，便于863年召开罗马宗.教会议进行报复，开除了佛提乌教籍，承认伊格纳提乌斯为君士坦丁堡牧首区牧首。东西双方互相玩弄权术，勾心斗角，翻.云覆.雨，使斗争越演越烈。
为争夺摩拉维亚国和保加利亚国新教区的控制权。东西两派进行了长期斗争，这一时期斗争也达到白热化程度。摩拉维亚国君主为抵制德意志封建主和教会势力的侵入，希望得到拜占庭帝国的支持，拜占庭帝国对此求之不得。自从失去了安提阿、亚历山大里亚和耶路撒冷三大教区以后。拜占庭帝国试图向西面巴尔干半岛发展自己的势力。因此，863年便派遣修道士西里尔和美多迪乌两兄弟前往传教，他们以希腊字母为基础。创造了斯拉夫字母，把传教书籍也译成斯拉夫文。对当时的传教事业和当地的斯拉夫文化的发展产生了深远影响。为此，德意志封建主于870年策动政变。推翻了摩拉维亚亲拜占庭君主，将拜占庭帝国的传教士关进监狱并继而驱逐出境，由德意志教会控制了摩拉维亚教会。这场争夺势力范围的斗争以西派胜利告终，随后双方为争夺保加利亚国又展开了激烈冲突。
拜占庭帝国利用“和亲”和武力两种手段，使保加利亚国承认拜占庭帝国的宗主权。当时的保加利亚国王波里斯也想利用教廷统一各部族，因此便下令全国皈依了教廷。但拜占庭帝国得寸进尺的要求，促使保加利亚国企图摆脱其控制。一直窥探事态发展的罗马教皇趁机开始了策反工作。866年波里斯国王为摆脱拜占庭帝国和东派教会的控制，决定承认罗马教皇在教廷会中享有至高无上的首席地位。君士坦丁堡牧首佛提乌（810—8.95）大怒，立刻指责罗马教会犯有6项异端罪行，如在《信经》中加入“和子”句，星期六斋戒、大斋期喝牛奶、吃奶油和乳酪、要求神职人员独身，只准主教行使坚振礼等。867年拜占庭帝国皇帝米歇尔三世在佛提乌鼓动下，召开君士坦丁堡宗.教会议，开除罗马教皇尼古拉一世（858—867在位）的教籍。868年佛提乌被新任皇帝巴塞尔一世撤去牧首职务，伊格纳提乌斯（799—877）重任牧首。罗马教皇约翰八世要挟他将保加利亚教会划归罗马教会管辖，否则撤其牧首教职。伊格纳提乌斯在皇帝支持下断然拒绝，东西矛盾更加尖锐。870年教皇拒绝保加利亚国王波里斯提出的在保加利亚设置大主教座堂的要求，使波里斯绝断与西派教会的往来，再次同拜占庭帝国恢复关系。877伊格纳提乌斯去世，佛提乌再任君士坦丁堡教会牧首。教皇乘机再次提出对保加利亚教会的要求，遭到拜占庭皇帝和佛提乌的拒绝。因此罗马教会于881年再次诅咒佛提乌。884年波里斯在君士坦丁堡教会中做修士的儿子西缅即位，把东派教会的组织制度在全国推广。东西两派几经较量，终以东派胜利而告终。至此两派的裂痕已无法弥合。